有限公司股权转让的办理流程如下：
1、股东和受让人按照法律和公司章程的规定达成股权转让协议；
2、转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书；
3、修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载；
4、办理变更登记。